绿色建筑国合基地实行主任负责制,在教育部、科技部、国家外专局、重庆市科技局和重庆大学等上级主管部门的领导下,在国际学术委员会的指导下,建立国际化的管理机构和高素质的学术团队,以国际合作、开放流动、深度融合、协同创新为原则,创新管理运行体制和机制,积极探索高水平国际合作基地的实现路径。